گروه های مخالف همچنان مشروعیت دادگاه ویژه روحانیت را زیر سوال بردند. این
دادگاه که زیر نظر یک مجتهد آگاه به قوانین شرعی اداره می شود می تواند احکام
قانونی را بر اساس تفسیری مستقل از منابع شرع اسلامی صادر کند.
دادگاه های ویژه روحانیت که اتهامات و جرایم مربوط به روحانیون را
بررسی می کند و مستقیما زیر نظر ولی فقیه (رهبر ایران) است، در قانون اساسی وجود ندارد،
و خارج از دستگاه قضایی فعالیت می کنند.