دادگاه ويژه روحانيت در آستانه سي و يكمين سالگرد تاسيس، در معرض انحلال قرار گرفته است. بنابر اخبار دریافتی، گردانندگان فعلی نظام به اين نتيجه رسيده اند كه افكار عمومي، دادگاه ويژه روحانيت را به عنوان يك نماد استبدادي غير قابل توجيه قلمداد ميكند.
اين دستگاه جنائي در خرداد 1358 و قبل از تدوين قانون اساسي جمهوري اسلامي، به منظور محاكمه آخوندهای مجرم تاسيس گرديد ولي در عمل، به يكي از اركان ايذائي حكومت مبدل شد و به عنوان ابزاري براي تفتيش عقايد، بازپروري دين حكومتي و همچنين سركوب دين اصيل و به زنجير كشيدن مراجع مخالف، مورد بهره برداري ولي فقيه قرار گرفت.
در اين دادگاه براي مراجع بزرگي چون شریعتمداری و منتظری و همچنين روحانيون سرشناسي مانند عبدالله نوری، محسن کدیور، حسن یوسفی اشکوری، هادی قابل، محمد خاتمي، مهدی کروبی و محمد علي ابطحي، به ناحق پرونده سازی شد و برخي از آنها نيز محاكمه شدند. محمد موسوي خوئيني ها كه خود روزي دادستان كل كشور بوده ، در دادگاه ویژه روحانیت محاکمه شد و در دفاعياتش، وجود این دادگاه را نامشروع و فعاليت آنرا غير قانوني اعلام نمود.
يكي ديگر از چهره هاي برجسته اي كه بارها توسط اين تشكيلات مرموز و خطرناك محاكمه و زنداني شد، سيد حسين كاظميني بروجردي است. پرونده این روحانی غیر سیاسی، از سال 1374 تا كنون در اين دادگاه همچنان باز مي باشد. بازتاب گسترده اخبار مربوط به نحوه بازداشت وی، صدور حكم اوليه اعدام، اعمال شكنجه ها و برخوردهاي بسيار خشن با اين روحاني مخالف نظریه ولایت فقیه، باعث شد تا طي سالهاي اخير، موقعيت دادگاه ويژه روحانيت و بند ويژه روحانيت در زندان اوين، به عنوان سوژه اي براي بي آبروئي مضاعف نظام، مطرح باشد.
ناگفته نماند كه فعالیت دادگاه ويژه روحانيت همواره از سوي نهادهاي مدافع حقوق بشر نيز غيرقانوني اعلام شده و در قانون اساسي ايران نيز نامی از آن برده نشده است. از موارد بارز نقض حقوق بشر در اين بيدادگاه آن است كه دادستانها و قضاتش، در تنظيم كيفرخواست ها و صدور احكام مجازات، به قوانين مصوبه كشور استناد نمي كنند؛ بلکه ملاكشان صرفا دستورات ولي فقيه است و بسياري از احكام اعدام كه در آنجا صادر مي‌شود، بدون تاييد ديوان عالي كشور اجرا مي‌گردد!
یکی دیگر از تفاوتهای این نهاد جنائی با دیگر نهادهای قضائی کشور، در نحوه گزینش مسئولین و کارکنان آن می باشد، به گونه ای که همگی دست چین شده هائی هستند که با ارتکاب طولانی مدت جنایت و آدم کشی، توانسته اند اعتماد بیت رهبری را به دست آورند و چنین پست های سرّی و حساسی را احراز نمایند. محسنی اژه ای، علی رازینی، جعفر قدیانی (کسی که به تنظیم کیفرخواست های اعدام مشهور است) و همچنین یوسفی، مهرنوش و صالحی (که جزو ضاربین قتل های زنجیره ای بوده اند و در ترورهای برون مرزی نیز دست داشته اند و در شکنجه دادن و ضرب وشتم زندانیان عقیدتی، سابقه ای طولانی دارند) از این دسته هستند.
مقر اصلی دادستاني و دادگاه ويژه روحانيت، در خیابان زعفرانیه تهران، جنب شهرداری شمیرانات بوده و در آنجا هیچ نوع تابلوئی که معرف آن نهاد باشد نصب نگرديده است كه این امر گویای سری بودن فعاليت هاي آن مي باشد.
